Die Zeit nach dem Kriegsende 1945 und dem Ende der nationalsozialistischen Diktatur ist durch mehrere Faktoren gekennzeichnet. Für die weitere Entwicklung der Diakonie in ganz Deutschland prägend wird die Gründung des „Evangelischen Hilfswerkes für Deutschland“. Daneben stehen die Bemühungen der einzelnen diakonischen Einrichtungen, ihre Arbeit wieder neu zu organisieren und aufzubauen. Auch auf Landesebene müssen neue Strukturen gefunden werden.

Die diakonischen Einrichtungen sind in der ersten Nachkriegszeit damit bemüht, die Schäden des Krieges auszubessern. Etliche Gebäude sind durch die Bombardierung stark in Mitleidenschaft gezogen oder zerstört. Hinzu kommen die Schäden, die durch die Zweckentfremdung entstanden sind. Viele der Gebäude haben in der Kriegszeit und Nachkriegszeit eine Nutzungsänderung erfahren. So dienten Schulen als Lazarette. In den Pflegeanstalten im Bereich der Behindertenhilfe, die durch den Abtransport der behinderten und kranken Menschen in die Tötungsanstalten frei geworden sind, ziehen Umsiedler aus Bessarabien oder Südtirol ein. Auch die Kinderlandverschickung der Hitlerjugend hat Räumlichkeiten der Inneren Mission bezogen. Die Rückführung der Gebäude in den eigenen Besitzstand ist ein vorrangiges Anliegen der diakonischen Einrichtungen.

Hinzu kommt die große Notsituation in der Bevölkerung. Evakuierte und Flüchtlinge brauchen Unterstützung und Hilfe. Durch den Verlust großer Gebiete in den ehemaligen deutschen Ostgebieten und der damit verbunden Vertreibung entstehen weitere soziale Problemfelder. Allein Bayern nimmt in der Nachkriegszeit fast zwei Millionen Vertriebene auf.

Gerade die Versorgung der Evakuierten, der Heimkehrer, der Vertriebenen und Flüchtlingen wird zu einem Kennzeichen der Arbeit des Evangelischen Hilfswerks. Noch bevor im August 1945 das „Hilfswerk der Evangelischen Kirche in Deutschland“ gegründet wird, hat sich in Bayern in Juni 1945 bereits das „Hilfswerk der Inneren Mission in der Evang.-Luth. Kirche in Bayern“ konstituiert.

Seine Wirksamkeit entfaltet das Hilfswerk durch die Sammlung in den „Opferwochen“, die es bis heute gibt, und in der Verteilung von Hilfsgütern, welche nach Kriegsende durch ausländische Hilfsorganisationen nach Deutschland gebracht wurden. Denn die Kirchen haben eine Sonderstellung. Die Tatsache, dass die Kirchen – mit Ausnahmen der Bewegung der Deutschen Christen - nicht mit der nationalsozialistischen Regierung kooperiert haben, macht sie zum Ansprechpartner der Alliierten. Zudem sind die Kirchen die einzigen Organisationen die noch über ein zumindest halbwegs funktionierendes Infrastruktursystem verfügten, um eine gerechte Verteilung der Hilfsgüter, die meist aus dem Ausland kommen, in die Wege zu leiten.

Unter dem ersten Leiter Eugen Gerstenmeier entwickelt sich in den folgenden Jahren aus dem Hilfswerk eine Großorganisation, die neben und auch in Konkurrenz zur Inneren Mission steht. Erst im Jahre 1957 wird dieser Zustand durch die Zusammenführung beendet. Die Evangelische Kirche in Deutschland überträgt dem „Centralausschuß für Innere Mission“ die Aufgaben des Hilfswerkes. Unter dem neuen Namen „Innere Mission und Hilfswerk der Evangelischen Kirche in Deutschland“ nimmt der jetzt fusionierte Verband seine Tätigkeit auf. Im Jahre 1965 kommt es zu einer erneuten Namensänderung: Das Diakonische Werk – Innere Mission und Hilfswerk der Evangelischen Kirche in Deutschland, heute kurz als das Diakonische Werk der EKD bezeichnet.

In Bayern wird die Zusammenlegung des Hilfswerkes für Innere Mission in Bayern und der Inneren Mission bereits 1948 festgelegt. Auch die Umstrukturierung des „Landesvereins für Innere Mission“ zum Landesverband der Inneren Mission“, die im Jahre 1947 begonnen worden ist und im folgende Jahr umgesetzt wird, tragen dazu bei, die entsprechenden Voraussetzungen zu schaffen. Mit der Abgabe der Rummelsberger Anstalten an einen eigenen Trägerverein werden die rechtlichen Voraussetzungen geschaffen. Auch die anderen Einrichtungen, die der Landesverein bislang selbst geführt hat, werden nun den Rummelsberger Anstalten unterstellt, die sich zu einem der wichtigsten Träger diakonischer Arbeit entwickeln.

Der Landesverband soll nun nur Aufgaben eines Spitzenverbandes übernehmen und die entsprechenden Verbindungen zur Landesregierung aufbauen.