Die Weltwirtschaftskrise im Jahre 1929 hat für den Weimarer Wohlfahrtsstaat katastrophale Folgen. Die Massenarbeitslosigkeit entzieht der Sozialpolitik die entscheidende Grundlage - einen funktionierenden Arbeitsmarkt. Den Höhepunkt erreicht die Arbeitslosigkeit im Jahr 1930 erreicht. Sechs Millionen Menschen haben keine Arbeitsstelle. Der Staat kann seine Unterstützungsarbeit nicht mehr entsprechend wahrnehmen und gerät mehr und mehr in die Kritik. Von dieser Entwicklung sind auch die Einrichtungen der Inneren Mission betroffen, die mittlerweile auf die staatlichen Zahlungen angewiesen sind. Hinzu kommt, dass durch den Konkurs der „Devaheim“, der Bausparkasse der Inneren Mission, das Vertrauen in die Leistungen der Diakonie merklich nachgelassen hat. Im sogenannten Devaheim-Skandal hatten Tausende Kleinanleger ihre Ersparnisse verloren.

Das Aufkommen der NSDAP um Adolf Hitler, die bei den Reichstagswahlen (1928, 1930, 1932) immer mehr Stimmen hinzugewinnen konnte und 1932 stärkste Partei im Reichstag wird, wird auch in den Kreisen der bayerischen Diakonie und lutherischen Landeskirche aufmerksam beobachtet. Hitler findet bei vielen leitenden Persönlichkeiten der Kirche, in der Pfarrerschaft und auch bei der Inneren Mission Zustimmung.

Nach der Ernennung Adolf Hitlers zum Reichskanzler beginnt der Umbau des deutschen Staates. Das am 23. März 1933 erlassene Ermächtigungsgesetz bildet dabei die gesetzliche Grundlage;  der politisch-gesellschaftliche Pluralismus wird aufgehoben.

Auch im Bereich der Kirche sieht die Politik Hitlers eine Umstrukturierung vor. Die 28 evangelischen Territorialkirchen in Deutschland sollen zu einer Reichskirche zusammengeschlossen werden. Unterstützung für diesen Kurs findet Hitler durch die Deutschen Christen, einer Bewegung innerhalb der verschiedenen evangelischen Landeskirchen, die sich im Frühjahr 1932 in Berlin formiert haben. Sie haben in ihren Richtlinien ebenfalls das Ziel einer einheitlichen Landeskirche festgelegt. Noch 1933 soll das Amt eines Reichsbischof für die evangelische Kirche eingeführt werden. Für diese Position hat Hitler den Königsberger Militärpfarrer Ludwig Müller vorgesehen. Um die Unabhängigkeit vom Staat zu wahren, stellen die Landeskirchen in der Person Friedrich Bodelschwinghs einen Gegenkandidaten auf, der allerdings nach verschiedenen Differenzen seine Kandidatur zurückzieht, so dass im September 1933 Ludwig Müller zum Reichsbischof gewählt wird. Trotzdem gelingt es nicht, die Gleichschaltung der evangelischen Kirche durchzusetzen. In vielen Gemeinden und Landeskirchen bilden sich Bewegungen, die die Gleichschaltungspolitik nicht akzeptieren und aus der sich später die Bekennende Kirche entwickelt.

Die Einrichtungen der Diakonie stehen vor der Gefahr der Gleichschaltung durch die „Nationalsozialistische Volkswohlfahrt“. Die NSV wird 1932 in Berlin mit dem Ziel gegründet, bedürftige Parteigenossen zu unterstützen. Nach der Machtübernahme 1933 gelingt es dem Leiter Erich Hilgenfeldt, die NSV in nur kurzer Zeit zu einer reichsweiten Organisation auszubauen. In diesen Zeitraum fällt auch die Gleichschaltung der „Deutschen Liga der freien Wohlfahrtspflege“. Im Januar 1934 legt der NSV einen Entwurf über eine Vereinbarung beider Organisationen vor, der im März zur Gründung einer Reichsgemeinschaft, die unter der Führung der NSV stand, führen soll.

Für die Einrichtungen der bayerischen Diakonie stellen diese Gleichschaltungsbemühungen eine ernste Bedrohung dar. So besteht die Gefahr, dass es zur Abgabe von Arbeitsfeldern an die NSV oder Enteignungen kommt. Um diesen Entwicklungen zuvorzukommen, sucht die ür Innere Mission in Bayern die Annäherung an die bayerische Landeskirche. Bereits im Mai 1933 formuliert Hans Lauerer, Rektor der Diakonissenanstalt Neuendettelsau, eine Erklärung, die die Innere Mission dem Landesbischof unterstellt. Die eigenständigen diakonischen Einrichtungen werden somit „fast handstreichartig“ dem Rechtsschutz der Landeskirche unterstellt. Von Seiten der Landeskirche wird am 28. Juni 1934 die Ordnung für Innere Mission erlassen, die diesen Vorgang auf rechtlichen Boden stellt. Da aber die meisten diakonischen Einrichtungen selbstständig sind, müssen diejenigen, die sich unter die Obhut der Landeskirche begeben wollen, dies schriftlich der Kirchenleitung gegenüber erklären. Die drei großen Träger, die Diakonissenanstalt Neuendettelsau, die Diakonissenanstalt Augsburg und die Rummelsberger Anstalten tun dies, Ausnahme bleibt das Gemeinschaftsdiakonissenhaus Hensoltshöhe.

Die diakonischen Einrichtungen in Bayern können auf diese Weise ihre Existenz festigen und sichern, so dass während der Zeit der nationalsozialistischen Herrschaft die größten Träger und der Landesverein fortbestehen.

Die Hoffnungen auf eine Zusammenarbeit zwischen der Inneren Mission und dem NSV erfüllen sich indes nicht. In vielen Arbeitsgebieten kommt es zu massiven Einschränkungen, wie etwa dem evangelischen Schulwesen. Auch im Bereich der Kindererziehung wird massiv eingegriffen. In der Hitlerjugend und Bund deutscher Mädchen entstehen Konkurrenzbewegungen zu den christlichen Jugendvereinen. Viele der evangelischen Kindergärten werden von der NSV übernommen.