Abgelöst wird die „Conferenz für innere Mission“ im Jahr 1886 mit der Gründung des Landesvereines für Innere Mission in Nürnberg. Mit ihm will man einen festen Rahmen schaffen, in dem der regelmäßige Austausch stattfinden soll. Zukünftig soll der Landesverein die entsprechenden Koordinierungsaufgaben für die einzelnen Einrichtungen übernehmen. Bei der Gründung handelt es sich jedoch nicht um einen neuen großen Aufbruch der Inneren Mission in Bayern. Es sind vielmehr die veränderten gesellschaftlichen und sozialen Rahmenbedingungen, die einen derartigen organisatorischen Zusammenschluss notwendig machen. Schon ein Jahr später, 1887, haben sich 11 Vereine dem Landesverband angeschlossen (München, Nürnberg, Kirchsittenbach, Ahornberg, Windsheim und Ingolstadt als Lokalvereine und Seibelsdorf, Markteinersheim, Hersbruck, Kreuzwertheim und Pappenheim als Distriktsvereine). Die Anstellung eines eigenen hauptamtlichen Vereinsgeistlichen allerdings erweist sich aus finanziellen Gründen als schwierig. Die Stellung wird 1890 von Pfarrer Ferdinand Reindel übernommen, der seit 1888 in Nürnberg tätig ist.

Drei Ziele verfolgt der Landesverein in seiner Anfangszeit. Die vorhandenen diakonischen Einrichtungen, Vereine und Dienste sollen von Nürnberg aus koordiniert werden, es sollen neue Arbeitsgebiete erschlossen bzw. gefördert werden. Und schließlich will man eine eigene Diakonenanstalt errichten.

Letzteres kann Reindel bereits 1890 umsetzen: In Nürnberg wirde eine Diakonenanstalt ins Leben gerufen, die im Jahre 1905 nach Rummelsberg, in der Gemeinde Feucht gelegen, übersiedelt. Die Arbeit der Landesdiakonenanstalt in Rummelsberg wächst in den folgenden Jahren immer weiter an und wird bis zum Jahre 1947 ein wichtiger Bestandteil der Arbeit des Landesvereines. Dann wird die Arbeit der Rummelsberger Anstalten eigenständig und vom Landesverein gelöst.

Mit der Gründung des Landesvereins für Innere Mission wird erstmals ein Verband geschaffen, der versucht, die verschiedenen diakonischen Initiativen in Bayern unter einem Dach zu vereinigen. Die angeschlossenen Vereine und diakonischen Träger aber bleiben mit Ausnahme der Rummelsberger Diakonenanstalt rechtlich eigenständige Einrichtungen. Heute wird die Arbeit des Landesvereines für Innere Mission durch das Diakonische Werk Bayern fortgesetzt.