Hatte Wichern zu Beginn seiner Reise durch Bayern noch sehr positiv über seine Erfolge geschrieben, stieß er doch schon bald auf den Widerstand des Kreises um den fränkischen Pfarrer Wilhelm Löhe. 1808 in Fürth geboren, wurde Löhe 1837 Pfarrer in dem fränkischen Dorf Neuendettelsau. In dieser Stellung blieb er bis zu seinem Lebensende im Jahr 1872. Wilhelm Löhe und sein Freundeskreis, in der Regel Lutheraner, verfolgten die Aktivitäten Johann Hinrich Wicherns sehr genau. Er selbst hatte das Rauhe Haus in Hamburg anlässlich seines Besuches im Jahre 1848, bei dem Wichern allerdings nicht zugegen war, aus eigener Anschauung kennen gelernt. Die strengen Lutheraner sahen in Wicherns Wirken eine Gefährdung ihres lutherischen Bekenntnisses. Außerdem zielte Löhe auf eine engere Einbeziehung der evangelischen Kirchengemeinden. Der vereinsmäßig organisierten Diakonie im Sinne Wicherns stand er zunächst ablehnend gegenüber. An einen Freund schreibt er über Wichern: „Ich ziele auf Wichern. Du traust mir vielleicht einigen Sinn für die Not zu, welche uns allenthalben umgibt, und daß ich nicht gerne fehlen mag, wo es etwas zur Minderung der Not zu tun gibt, glaubst Du vielleicht auch. Dennoch ist der Wichernsche Plan ein verfänglicher und gefährlicher. Nicht die Werke sollen unterbleiben, aber der Plan ist falsch.“

Sichtbares Zeichen der von Wilhelm Löhe vertretenen Gegenposition ist die Vereinigung der bisher lose um ihn versammelten Kreise von Lutheranern zur „Gesellschaft für innere Mission im Sinne der lutherischen Kirche“ am 12. September 1849.

In einer Rückschau legt Löhe nochmals die Motive dar, die ihn dazu bewegen. „Ich gestehe es gerade heraus, daß ich bei der Gründung der Gesellschaft für innere Mission und später des Diakonissenhauses zunächst keine andere Absicht hatte als die, mich für meine heimatlichen Gegenden in Sachen der inneren Mission und des Diakonissentums der unierten Strömung (gemeint ist Wichern!) in den Weg zu legen.“

In Neuendettelsau ruft Löhe am 9. Mai 1854 die erste Diakonissenanstalt in Bayern ins Leben, die sich zu einem Zentrum diakonischer Arbeit in Bayern entwickelt. Nach der Ausbildung zur Diakonisse arbeiten die Schwestern in Dörfern und Städten Bayerns (und darüber hinaus) in Krankenhäusern, Kindergärten oder in der Gemeindearbeit sowie in den Einrichtungen für Menschen mit Behinderung, Senioreneinrichtungen, Fürsorgerziehung in Neuendettelsau. Die Diakonissentracht wird so zum Kennzeichen diakonischer Arbeit.

Nahezu zeitgleich entsteht in Augsburg die zweite bayerische Diakonissenanstalt. Am 15. Oktober 1855 nimmt sie ihre Arbeit auf, initiiert vom ortsansässigen St. Johannis-Zweigverein.