Seit etwa fünfzig Jahren gibt es die Diakonie in ihrer heutigen Form: als Diakonisches Werk, das auf Bundes- und Landesebene ebenso vertreten ist wie auf der Ebene der Dekanatsbezirke und Gemeinden.

Tatsächlich aber ist die Diakonie viel älter: Bereits 1848 entstand, auf Anregung des Hamburger Pfarrers Johann Hinrich Wichern, die „Innere Mission". Er wollte ein Instrument zur Bekämpfung von Armut und Verelendung in den Großstädten schaffen. Wichern zählt heute zusammen mit dem fränkischen Pfarrer Wilhelm Löhe zu den Gründervätern der Diakonie in Deutschland, und bis heute führen sowohl der Landesverband der bayerischen Diakonie als auch einige Träger den Begriff „Innere Mission" in ihrem Namen.

Im Zentrum diakonischen Handelns stehen am Anfang Menschen mit Behinderung sowie Kinder und Jugendliche. 1850 entstehen in Erlangen, Hof, Martinsberg und anderen Städten Bayerns die ersten diakonischen Einrichtungen. 1854 gründet Wilhelm Löhe in der Nähe von Ansbach das Diakoniewerk Neuendettelsau, das bis heute zu den großen diakonischen Trägern in Bayern gehört. Mit der Diakonisse entsteht ein Beruf, aus der Berufung wird eine Profession. Die Diakonissen haben das Bild der Diakonie über viele Jahrzehnte hinweg geprägt.

1890 wird in Nürnberg die „Landesdiakonenanstalt" gegründet, die heutigen „Rummelsberger Anstalten". Mit dem Diakon entsteht hier das männliche Gegenstück zur Diakonisse. Im „Dritten Reich" unterstellen sich die Dienste der Inneren Mission, wie sich die diakonischen Einrichtungen damals nannten, aus Sorge vor der „Gleichschaltung" der bayerischen Landeskirche. Allerdings: Einrichtungen der Inneren Mission lassen teilweise auch das Euthanasie-Programm der Nationalsozialisten und das Ermorden „ihrer " Behinderten zu.

Um die Nöte in den Zeiten nach dem Zweiten Weltkrieg zu lindern, gründet die Evangelische Kirche in Deutschland (EKD) 1945 das „Evangelische Hilfswerk". 13 Jahre später, 1958, verbinden sich Hilfswerk und Innere Mission zum Diakonischen Werk - zunächst übergreifend als Diakonisches Werk der Evangelischen Kirche in Deutschland, später als einzelne Landesverbände - so auch das Diakonische Werk Bayern.

Für Wichern und Löhe war die „Innere Mission" - wie später für die Evangelische Kirche in Deutschland das „Evangelische Hilfswerk" - die Verkörperung der Liebe Christi zu den Menschen, das Werkzeug der christlichen Nächstenliebe. Damit ist sie bis heute auch Lebens- und Wesensäußerung der Kirche: Diakonie ist handelnder Glaube.